Red and blue colors indicate high and low relative expression levels after homogenization, respectively. The RPKM value for each gene and each stage was provided in the figure. Figure 5. System Bet majosports – comprises more than one accumulator bet of the same size. Values represent the relative mRNA expression in relation to internal control (β -actin gene). Data were expressed as the mean ± SEM for four replicates. In each panel, different lowercase letters indicate significant differences ( p. HSDs are a group of steroidogenic enzymes that are involved in steroid biosynthesis and metabolism (Ye et al., 2014).
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To identify candidate β -hsd genes in these thirteen species, we collected the gene and protein names of the β -hsd gene family from the literature (Payne et al., 1997; Dai et al., 2003; Mindnich et al., 2004; Seckl, 2004; Hoffmann and Maser, 2007; Meier et al., 2009; Mindnich and Adamski, 2009; Sreenivasulu and Senthilkumaran, 2009; Rotinen et al., 2010; Kisiela et al., 2012; Saloniemi et al., 2012; Tokarz et al., 2012; Lin et al., 2013; He et al., 2018). Secondly, the amino acid sequences of human and zebrafish β -hsd genes were collected from Ensembl and GenBank by searching for their gene and protein names. Next, specific hidden Markov models (HMMs) of human and zebrafish β-HSDs were developed by hmmbuild command in HMMER (HMMER3.1B2 13 ) and then used as the query sequences to search the protein databases of all the studied species with hmmsearch command in HMMER ( E -value = 0.01). Because all the β -hsd genes belong to the SDR family, except for hsd17b5 , which belongs to the AKR superfamily, there was concern that the HMMs-based search would miss hsd17b5 . Therefore, the amino acid sequence of human HSD17B5 was used as query sequence to search the protein databases of other species by local BLASTP with a cut off E -value of 1e-5 (BLAST 2.2.26 release from NCBI by anonymous FTP 14 ) (Altschul et al., 1997). All the suspected sequences were aligned with the NCBI non-redundant protein sequence database by online BLASTP program to obtain reliable sequences of β -hsd genes. Phylogenetic Analysis. Transcriptome-Based Analysis of Expression Profiling of the β -hsd Genes. Jogos de butterfly.
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